Bioinformatyka to dyscyplina zajmująca się stosowaniem narzędzi matematycznych oraz informatycznych do rozwiązywania problemów z nauk biologicznych. Z bioinformatyką powiązane są: genomika, proteomika, metabolomika, transkryptomika oraz konektomika.
Podstawowe zagadnienia bioinformatyki
- katalogowanie informacji biologicznych (bazy danych, bazy danych sekwencji oraz wyszukiwanie sekwencji, adnotacji, danych numerycznych w bazach danych)
- analiza sekwencji DNA (składanie sekwencji, adnotacja, wyszukiwanie sekwencji kodujących, regulatorowych oraz repetytywnych, motywów, markerów)
- analiza sekwencji genomów, porównywanie genomów
- ustalanie ewolucyjnych relacji pomiędzy zbiorami sekwencji / organizmów (drzewa filogenetyczne)
- genotypowane (używane pomiędzy innymi do wyszukiwania genów odpowiedzialnych za choroby genetyczne, w ustalaniu ojcostwa, kryminalistyce)
- analiza ekspresji genów (głównie analiza danych z mikromacierzy)
- analiza sekwencji białek, nazywana też proteomiką (porównywanie sekwencji, wyszukiwanie domen oraz motywów, przewidywanie własności fizyko-chemicznych, drugo- oraz trzecio-rzędowej struktury białka, lokalizacji w obrębie komórki, analiza danych z eksperymentow spektroskopwych)
- katagolowanie funkcji genów/białek, analiza dróg metabolicznych (np metabolizm lipidów) oraz dróg sygnałowych (np od receptora na powierzchni komórki poprzez kaskadę kinaz do czynników transkrypcyjnych)
- modelowanie układów biologicznych
- wirtualne dokowanie (ang. virtual docking) - np. używajac trójwymiarowej struktury aktywnego centrum enzymu ("zamek" albo "kieszonka" ang. pocket) przeszukuje się w komputerze tysiace małych cząsteczek z których kilka-kilkanaście ('kluczy') będzie miało kształt mieszczacy się w centrum aktywnym. Pierwszy krok w kierunku odkrywania nowych leków.
- komputery DNA
- morfometria / analiza obrazu
Sprawdź też
przegląd zagadnień z zakresu biologii
Studia w Polsce
Studia na specjalności Bioinformatyka zostały uruchomione:
- od roku akademickiego 2003/2004 na studiach dwustopniowych na Wydziale Biologii Uniwersytetu im. A. Mickiewicza w Poznaniu
- od roku akademickiego 2004/2005 jako specjalność bioinformatyka dla studentów informatyki stosowanej na Wydziale Fizyki Astronomii oraz Informatyki Stosowanej Uniwersytetu Jagiellońskiego
- od roku akademickiego 2004/2005 na Wydziale Farmaceutycznym z Oddziałem Medycyny Laboratoryjnej Śląskiego Uniwersytetu Medycznego (kierunek zamknięty - ostatni nabór w roku akademickim 2005/2006)
- od roku akademickiego 2005/2006 jako specjalność bioinformatyka oraz informatyka chemiczna dla studentów kierunku biotechnologia Politechniki Wrocławskiej (mgr inż.)
- od roku akademickiego 2007/2008 jako specjalność bioinformatyka oraz biotechnologia farmaceutyczna dla studentów kierunku biotechnologia Politechniki Wrocławskiej (mgr inż.)
- od roku akademickiego 2007/2008 (jako specjalność do wyboru) na studiach magisterskich w Instytucie Informatyki Uniwersytetu Śląskiego
- od roku akademickiego 2005/2006 na Wydziale Automatyki, Elektroniki oraz Informatyki Politechniki Śląskiej (studia inżynierskie), z możliwością kontynuacji na poziomie magisterskim
- od roku akademickiego 2008/2009 na studiach dwustopniowych na Wydziale Przyrodniczo-Technicznym Uniwersytetu Opolskiego
- od roku akademickiego 2008/2009 jako makrokierunek Bioinformatyka oraz Biologia Systemów na Uniwersytecie Warszawskim prowadzony przez Wydział Biologii, Wydział Fizyki oraz Wydział Matematyki, Informatyki oraz Mechaniki.[1]
- od roku akademickiego 2009/2010 na studiach magisterskich w Instytucie Informatyki Uniwersytetu Śląskiego, studia z językiem angielskim jako wykładowym: Modelling and Visualisation in Bioinformatics.
- od roku akademickiego 2009/2010 na studiach inżynierskich w Instytucie Informatyki Uniwersytetu Śląskiego,
- od roku akademickiego 2009/2010 na studiach magisterskich na Wydziale Fizyki, Astronomii oraz Informatyki Stosowanej Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu,
- od roku akademickiego 2010/2011 na studiach licencjackich wydziału Biologii oraz Hodowli Zwierząt Uniwersytetu Przyrodniczego we Wrocławiu
- od roku akademickiego 2009/2010 na studiach licencjackich na wydziale Matematyczno-Przyrodniczym Akademii im. Jana Długosza w Częstochowie
- od roku akademickiego 2010/2011 na studiach dwustopniowych jako makrokierunek na wydziale Biologii Uniwersytetu im. A. Mickiewicza w Poznaniu oraz wydziale Informatyki Poliechniki Poznańskiej.
- od roku akademickiego 2011/2012 specjalność bioinformatics (w j. ang.) na studiach II stopnia (mgr inż.) na Wydziale Chemii Politechniki Wrocławskiej[2]
Przypisy
Linki zewnętrzne