Modelowanie molekularne – zbiór technik obliczeniowych, które służą do modelowania oraz przewidywania właściwości cząsteczek albo układów ponadcząsteczkowych.
Modelowanie molekularne nierozłącznie jest związane z komputerami, których moc obliczeniowa decyduje o dokładności wykonywanych symulacji rozmaitych zjawisk na poziomie pojedynczych cząsteczek. W układach o dużej złożoności stosuje się uproszczone założenia albo wychodzi się z pewnych założeń początkowych, wynikających z wcześniejszych danych eksperymentalnych. Ośrodki naukowe zaangażowane w modelowanie molekularne posiadają własne centra komputerowe albo korzystają z czasu, jaki jest im przydzielony na superkomputerach należących do innych.
Modelowanie molekularne znajduje m.in. zastosowanie w nanotechnologii, do projektowania leków, poznawania struktur biologicznych, których sekwencja jest znana a budowa oraz funkcja jeszcze nie, w badaniach materiałowych oraz w wielu innych miejscach.
Istnieją także projekty związane z modelowaniem molekularnym, które wykorzystują moce spontanicznie tworzonych przez wolontariuszy sieci obliczeń rozproszonych, np. projekt Rosetta@home, zajmujący się poszukiwaniem nowych leków przeciwnowotworowych[1] czy Folding@home, w podobnych celach symulujący zwijanie białek.[2]
Molekularne modelowanie jest rutynowo stosowane do poznawania struktury dynamiki oraz termodynamiki rozmaitych związków chemicznych. W biologii molekularnej przy użyciu modelowania molekularnego badano zwijanie białka, katalizę enzymów, stabilność białek, cząsteczkowe rozróżnianie powierzchni białek oraz DNA. Intensywnie rozwijane są kierunki poszukiwań metod oraz materiałów nanotechnologicznych.
Programy używane w MM
- GPL-podobne
- open source
- komercyjne
Sprawdź też
Przypisy
Linki zewnętrzne